Karboksylhydrogenatomer av eddiksyre kan delvis ioniseres til hydrogenioner (protoner) og frigjøres, noe som resulterer i surheten i karboksylsyren. Eddik noe som betyr at bare 0,4% Eddiksyremolekylet er dissosiert.
Krystallstrukturen av iseddik viser at molekylene kombineres til dimerer (også kalt di-assosieringer) gjennom hydrogenbinding, og dimerene finnes også i damptilstand ved 120 ° C. Dimeren har høyere stabilitet. Metoden for molekylvektbestemmelse og røntgenstrålediffraksjon er påvist ved frysepunktreduksjon. Karboksylsyrene med lavere molekylvekt som maursyre og eddiksyre eksisterer i fast og flytende tilstand, og til og med i gassform i form av dimer. Når eddiksyre og vann er oppløst, vil hydrogenbindingen mellom dimerer raskt brytes. Andre karboksylsyrer har lignende dimeriseringsfenomener.